miglioramento delle pratiche agronomiche: es. piante tolleranti allo stress idrico o salino, colture tolleranti a specifici erbicidi
introduzione di caratteri di resistenza specifica: es. piante resistenti agli insetti o ai virus
produzione di energia: varietà con più elevato potere calorico e minori richieste di input chimici utilizzabili anche su aree marginali
miglioramenti nelle qualità nutrizionali e organolettiche: es. riso ad elevato contenuto in beta-carotene, pomodoro a maturazione rallentata
produzione di farmaci/composti in pianta (molecular farming): produzione a basso costo di sostanze farmaceutiche e chimiche, riduzione degli scarti chimici industriali (es. vaccino contro l'epatite, produzione di amilasi).
miglioramento delle caratteristiche richieste a livello industriale delle materie prime (es. pioppo con un tasso di lignite inferiore per facilitare il processo di fabbricazione della pasta da carta)